Also mir ist als Erstes aufgefallen, dass das Schiff, auf dem die Leute von Morpheus leben, und von dem aus sie sich in die Matrix einhacken, "Nebukadnezar" heißt.
(Wer sich in der Bibel auskennt, weiß, dass Nebukadnezar ein babylonischer König war, der einen Traum hatte: Er träumte von einer Statue, deren Kopf aus Gold war, der Oberkörper aus Silber, die Hüfte aus Bronze, die Beine aus Eisen und die Füße aus einem Gemisch aus Stein und Eisen. Dann sah er, wie ein Stein sich ohne Zutun von Menschenhand von einem Berg löste und im hinabrollen diese Statue zerstörte. Der Prophet Daniel hat dann diesen Traum gedeutet und erklärt, dass die verschiedenen Materialien verschiedene Reiche darstellen, die nacheinander die Welt beherrschen. Der Kopf stellt Nebukadnezars Reich da, die anderen Teile, Reiche, die nach ihm kommen. Der Stein, der sich ohne Zutun von Menschenhand vom Berg gelöst hat, stellt das Reich Gottes dar, das jenes letzte Reich zerstören wird, dass wie ein Gemisch aus Stein und Eisen ist.)
An der Wand dieses Hacker-Schiffes sieht man ganz kurz die Aufschrift "Mark III*11". Es sieht aus, wie eine technische Anweisung, aber wenn man die Bibel aufschlägt und bei Markus 3 Vers 11 nachliest, dann steht da: "Wenn die von unreinen Geistern Besessenen ihn sahen, fielen sie vor ihm nieder und schrien: Du bist der Sohn Gottes!"
Das sind nur 2 Beispiele, die mir gerade einfallen. Aber in diesem Film (ich habe bisher nur den ersten Teil gesehen) wimmelt es von solchen Anspielungen auf die Bibel. Ich persönlich glaube, dass das vom Autor voll beabsichtigt ist und nicht bloß Zufall.